Alueellisen yhteistyön ohjelmiin kuuluu niin alueiden välisen yhteistyön, valtioiden välisen yhteistyön kuin rajat ylittävän yhteistyön ohjelmia. Ohjelmakaudella 2014-2020 keskeisiä alueellisen yhteistyön ohjelmia ovat: 

Interreg Europe

Baltic Sea Region Programme